La qualité des produits. Les sélectionneurs sont parvenus à la fin des années 60 à supprimer l'acide érucique des graines de colza, car c'est un acide gras qui présente peu d'intérêt sur le plan nutritionnel. De la même façon, on sélectionne le tournesol, le maïs et de nombreuses espèces pour améliorer dans différentes variétés, la teneur et la nature des protéines, des huiles, des sucres. Enfin la qualité sanitaire des plantes et des graines est un axe essentiel de sélection qui vise à éliminer ou diminuer tout composé toxique, nuisible, inadapté ou incompatible avec une utilisation industrielle ou alimentaire.

L'augmentation des quantités produites a été d'abord l'objectif principal des sélectionneurs. Dans la sélection de toutes les espèces végétales, les sélectionneurs recherchent donc à s'adapter aux facteurs qui limitent les rendements : stress dus à la chaleur, à la sécheresse, au froid ; maladies (champignons, bactéries, virus…) et parasites (insectes) ; casse ou verse des tiges et des plantes, …

Le potentiel de production des espèces végétales peut également être accrû par une amélioration de la physiologie des plantes : augmentation de la photosynthèse, de la capacité à mobiliser les réserves vers les parties utiles de la plante : grains, racines…

On demande de plus en plus à l'agriculture de respecter l'environnement, de fournir des matières premières pour des activités industrielles, et de produire des molécules à usage pharmaceutique. Les sélectionneurs prennent en compte ces nouvelles demandes afin, par exemple, de permettre à partir des plantes la production d'énergie, de substances transformées à usage non alimentaire, de vaccins ou de médicaments.

Aujourd'hui, pour atteindre ces différents objectifs situés à des niveaux d'exigence élevés et de plus en plus diversifiés, les sélectionneurs doivent faire la synthèse de l'ensemble des connaissances : physiologie et biologie des plantes (modes de reproduction, parasites…), de leurs aptitudes à la transformation (valeur boulangère pour le blé, valeur brassicole pour l'orge…) et des mécanismes de la génétique (localisation et fonctions des gènes).

Les sélectionneurs répondent aussi aux besoins et aux contraintes techniques des industriels de l'agroalimentaire. La qualité de la récolte, son état sanitaire, l'homogénéité des lots, l'aptitude des lots à la conservation, les qualités technologiques pour la transformation et les utilisations (boulangerie, biscuiterie, trituration…) sont des facteurs de sélection de plus en plus importants.